Sfântul Oraș este învăluit în mistere și intrigi de secole. Cu excepția cardinalilor și episcopilor din vârful ierarhiei, nimeni nu are avut acces la ceea ce se petrece în măruntaiele Bisericii. Se spune că în arhivele Vaticanului există anumite lucruri care, dacă ar ajunge la cunoștința publicului larg, ar schimba pentru totdeauna fața credinței. Secretele Vaticanului a fost filmat parțial cu camera ascunsă, cu misiunea de a revela aceste lucruri.

Iată unele întrebări la care acest a încercat să găsească un răspuns: Ascunde Vaticanul informații potrivit cărora crucificarea lui Isus a fost o farsă? Există o cabală de sataniști în interiorul Vaticanului? Doar câșiva aleși știu că în dimineața înmormântării Papei Ioan Paul câteva OZN-uri au apărut deasupra Vaticanului.

Documentarul ne invită să examinăm rapoartele despre conspirațiile de la Vatican și legăturile axcestuia cu scufundarea Titanicului, asasinarea lui Abraham Lincoln, ritualuri satanice, posedări demonice și alte lucruri despre care Orașul Sfânt ar prefera să nu se știe niciodată.